Гипсилофодон был мелким динозавром, достигавшим 2 метра в длину. Это было миролюбивое растительноядное животное с головой не больше головы ребёнка. Челюсти гипсилофодона содержали ряд изогнутых зубов с неровными краями, прекрасно резавших листву и другие части растений. На конце рыла гипсилофодона располагался ороговевший клюв, как у черепах, при помощи которого он отщипывал листья растений.
Щёки у динозавров встречаются редко, но у гипсилофодона они были и могли растягиваться, что помогало удерживать во рту пищу при пережёвывании. Большие отверстия в задней части черепа служили местом прикрепления мощных челюстных мышц.
Кости конечностей гипсилофодона были длинные, тонкие и лёгкие. Его задние лапы имели мощные мышцы, позволявшие быстро бегать и уворачиваться от хищников. Вероятно, задние ноги гипсилофодона были похожи на ноги современных нелетающих птиц, например африканского страуса и австрийскую эму. Тело динозавра было наклонено к земле и очень хорошо уравновешивалось, что позволяло ему резко менять направление движения, убегая от врагов. Маневрированию помогал длинный жёсткий хвост, действовавший, как руль.
Все эти черты указывают на то, что гипсилофодон был прекрасным бегуном. По-видимому, его образ жизни напоминал образ жизни современных африканских антилоп, которые питаются нежными листьями и ветками и спасаются от врагов быстрым бегом.
Когда учёные впервые изучали кости конечностей гипсилофодона, они удивились их сходству с костями обезьян и некоторых других животных, которые лазают по деревьям. Поэтому в первых реконструкциях гипсилофодон часто изображался на ветках деревьев. Сегодня ясно, что это предположение ложно. Пальцы динозавра не позволяли обхватывать ветви, поэтому он не смог бы забраться на дерево.
